Risør er en av Sørlandets eldste byer og hollendernes tømmerfart fra 1400- og 1500-tallet gjorde den til ladested under Skien i 1630. Da Kristiansand ble grunnlagt fikk Risørs borgere ordre om å flytte dit, men henstillingen ble ikke fulgt. I begynnelsen av 1700-tallet hadde Risør større tollinntekter enn Kristiansand. Dette førte til at byen i 1723 fikk kjøpstadsrettigheter. I krigstiden 1808–1814 utviklet byen en livlig kaperfart. På 1800-tallet var et betydelig antall seilskip hjemmehørende i Risør, men ved overgang til dampskip gikk registrert tonnasje sterkt tilbake. I den store bybrannen i 1861 forsvant hele 248 bygninger, mens befolkningen lyktes å redde 81 bygninger i områdene rundt Vollen, Kamperhaug og Tangen. Bybrannen kom på et «gunstig» tidspunkt ettersom skipsfarten var inne i en gullalder, folk hadde forsikringer og økonomi til å bygge nye standsmessige hus. Etter brannen ble Risør regulert på nytt. Byens hovedgate er oppkalt etter ingeniøren som avsluttet dette arbeide: Løytnant Krag.
Den hvite by ved Skagerrak. Da byen ble så godt som totalskadd ved brannen i 1861 og de nye bygningene stod ferdig ønsket man å gi et inntrykk av velstand. Hvitt var den desidert dyreste malingsfargen og følgelig valgte man hvitt. Ikke som et resultat av en kommunal proposisjon men ideen smittet. FØR brannen var de fleste hus i byen enten umalte eller ubestemmelig grå. Nå skrapet de fleste sammen nok til ihvertfall å male de synlige delene av fasadene skinnende hvite. Den dag i dag kan man gå rundt i byen og observere at baksider av hus, skur, uthus etc er enten røde eller okerfarget.
Det har ikke skjedd mye i Risør sentrum etter 1870–80 årene. På grunn av dårlig økonomi i 60- og 70-årene, ble Risør skånet for det meste av 60-tallets supermoderne betongbyggeri. Kommunens meget strenge reguleringsplan har vært en avgjørende faktor for å beholde byen slik man ønsket at den skulle være. Risør er derfor idag en av Norges få helhetlig bevarte trehusbyer.
Etter sammenslåingen av kommunene Risør og Søndeled i 1964, ble Risør valgt som kommunenavn.